Заболевания физического происхождения очень распространены в биотопах.
Не каждый аквариумист в состоянии создать рыбкам надлежащий уровень жесткости и рН, гарантировать своим питомцам отсутствие травм, шоков. Для этого требуется определенный опыт.

Вместе с тем, симптомы этих болезней часто не ярко выражены (за исключением, конечно же, шоковых ситуаций и острых разновидностей болезней), и многие любители не обращают внимания на изменения в поведении рыб.

К данным болезням относятся：

— Алкалоз или Щелочная болезнь.
— Ацидоз или Кислотная болезнь.
— Анемия или малокровие у рыб.
— Аноксия или кислородное голодание рыб.
— Искривление позвоночника или Сколиоз. Причины могут быть и в неправильном кормлении, и в длительном близкородственном спаривании рыб.
— Содержание рыб при неправильной температуре.
— Травмы рыб.
— Вздутие малави.
— Недостаток йода или эндемический зоб у рыб. Причины могут быть и в неправильном кормлении, а также в генетической предрасположенности некоторых видов рыб к болезни.
— Шок у рыб. Различные виды шока, связанные с грубым нарушением того или иного параметра содержания рыб в биотопе.

Заболевания могут протекать как хронически, с маловыраженными симптомами, а иногда и с привыканием рыбы к новым условиям содержания, так и резкими вспышками, иногда со смертельным исходом.

Симптомами болезней являются изменения в поведении рыб： они становятся или очень подвижными и даже агрессивными, или наоборот, вялыми и замедленными, могут проводить много времени в зарослях растений или у поверхности воды; у рыб может пропасть аппетит, измениться окраска, возможно “вздутие тела”.

Рыбы, содержащиеся в ненадлежащих условиях, не могут вести полноценный образ жизни, и рано или поздно заболеют более серьезной инфекционной или инвазионной болезнью. Все силы их организма направлены на то, чтобы адаптироваться к новым условиям существования： у них усиленно работают почки, может быть усиленное слизеотделение, сердечная аритмия и другие внутренние симптомы, значительно ослабляющие иммунитет.
У внешне здоровых рыб организм работает на пределе возможностей, пытаясь стабилизироваться в новых и непривычных для него условиях.

Кроме ослабления  иммунитета, такая рыба неспособна дать потомство, или же потомство будет неполноценным, склонным к различным заболеваниям, и часто быстро погибающим еще на стадии мальков.

В шоковых ситуациях рыба может умереть в течение нескольких часов. Шок у рыб очень часто не лечится, и даже обнаружив еще живых, но уже, например,  плавающих кверху брюхом/осевших на дно рыб, аквариумист не в состоянии что-либо предпринять.

Лечение этих болезней сводится к устранению причины заболевания, и рыбы обычно в течение определенного периода выздоравливают сами, особенно если при этом сделать им разнообразный рацион питания.