При запуске Природного Аквариума, следующим после установки грунта важным шагом является  обустройство фильтрации.

Ввиду того, что в природной композиции активно применяются удобрения для субстрата,  вносится СО2, грунтовые и внутренние фильтры не подходят для использования. Поэтому в Природном Аквариуме устанавливаются внешние фильтры, производящие необходимый ток воды, но в то же время их конструкция не удаляет СО2. Внешний фильтр сохраняет плавающие в воде частицы, удаляет и абсорбирует растворенные загрязняющие вещества, разлагает и обеззараживает вредные субстанции.

Как известно, в аквариуме существует три типа фильтрации: механическая, химическая и биологическая.

Механическая фильтрация обеспечивается губкой в фильтре, а также добавлением в воду кондиционеров фирмы ADA.

Химическая фильтрация обеспечивает разложение и вывод вредных частиц в воде и достигается с помощью применения активированного угля. Наполнители из угля в Природном Аквариуме вносятся еще на этапе запуска биотопа и установки субстрата, так как они очищает воду, избавляя биотоп от таких проблем, как окрашивание воды и аммонийное отравление рыб, что может произойти во время стартового периода после запуска аквариума. Наличие угля необходимо и в аквариумном фильтре. Ввиду того, что адсорбционная способность угля ограничена, следует подменять его в фильтре каждые две недели.

Но самым важным типом фильтрации в Природном Аквариуме является биологический. Биологическая фильтрация реализуется бактериями и простейшими, расщепляющими органическую материю, аммоний и нитрит.

Аммоний, содержащийся в экскрементах рыб, в высоких концентрациях опасный для гидробионтов, становится безвредным благодаря действию бактерий, превращающих его сначала в нитрит и затем в нитрат, который, в свою очередь, потребляется растениями как питательное вещество. При стабильной работе биологического фильтра, органика и опасный аммоний, образующийся из этой органики, быстро разлагаются, и среда Природного Аквариума  поддерживается в отличном состоянии очень долгое время.

Компания ADA предлагает серию фильтров SUPER JET, разработанную специально для Nature Aquarium, а также наполнители к фильтрам.

Основным наполнителем для биологической фильтрации является Bio Rio или Bio Cube, содержащие споры бактерий, которые сразу после помещения в фильтр начинают размножаться и перерабатывать органические вещества. Постепенно биологический фильтр начинает работать все лучше, что ведет к стабилизации условий в аквариуме. Bio Rio или Bio Cube используются в комбинации с адсорбционными наполнителями. Со стабилизацией параметров воды соотношение активированного угля и бионаполнителей плавно изменяется в сторону уменьшения количества первого.

Механический и химический фильтры можно рассматривать как вспомогательные до начала правильной работы биологического фильтра. После загрузки фильтра новыми биологическими наполнителями проходит до 2-3 недель прежде чем фильтр начнет работать. В этот период и применяют активную химическую фильтрацию углем и частые водоподмены.

Промывать фильтрующие элементы данного фильтра следует в ведре с аквариумной водой, а не под струей воды из-под крана, чтобы не повредить биологические бактерии фильтра.

Помимо фильтрующих качеств, фильтры в Природном Аквариуме создают также и ток воды, что позволяет перемешивать между собой различные слои воды в биотопе и препятствует появлению в нем «мертвых зон». Однако здесь важно сделать ток воды умеренным, чтобы он не мешал нормальному росту и развитию многих растений.